No dia 01 de setembro de 2020 o acesso ao e-CAC, quando feito por meio de Certificado Digital, deverá ser exclusivamente pelo GOV.BR. Algumas dúvidas vêm surgindo com relação a essa mudança, entenda os principais pontos:

Conta no GOV. BR:

O primeiro ponto a entendermos é que o responsável pelo e-CNPJ ou e-CPF, precisa ter uma conta no GOV.BR para o seu CPF. Nesta conta tem que ter o selo de confiabilidade para uso do Certificado Digital. Caso utilize e-CNPJ ele deve ser vinculado a conta da pessoa física.

O e-CAC perderá as funcionalidades?

As funcionalidades que hoje estão disponíveis no e-CAC não serão alteradas, a mudança é apenas na forma de login e isso inclui o uso de procurações eletrônicas que não será afetado.

Caso seja utilizado um e-CNPJ de alguma empresa em específico

O responsável por este certificado (sócio) deve possuir cadastro no GOV.BR, com selo de confiabilidade e vinculo do e-CNPJ ao seu cadastro.

Se a pessoa física detentora de Certificado Digital não fizer o cadastro dentro do GOV.BR e não tiver o selo de confiabilidade:

Neste caso não será possível acessar o e-CAC pelo certificado digital a partir de 01 de setembro. Lembrando sempre que em caso de login via e-CNPJ ele tem que estar vinculado ao cadastro da pessoa física.

Qual o motivo destas mudanças?

A implantação destas mudanças está acontecendo porque o governo quer dar mais segurança aos processos de uso dos sistemas federais e quer ampliar o atendimento virtual da RFB unificando os acessos.
Com o acesso via GOV.BR os cidadãos que não tem certificado digital, ou que não estão obrigados a Declaração do Ajuste Anual do Imposto de Renda Pessoa Física poderão ter acesso ao e-CAC.

Os contribuintes que ainda tem dúvidas a respeito do assunto podem acessar o FAQ da RFB, nele tem o passo a passo para a criação de conta, vinculação do certificado e-CNPJ, e obtenção do selo de confiabilidade:
http://faq-login-unico.servicos.gov.br/en/latest/index.html

Com informações: Contábeis.com.br